К сожалению, прописать механику, при которой себестоимость продаж будет считаться от прибыли, нельзя. Но тем не менее, в таком ключе тоже можно считать зарплату. По аналогии, к этим документам можно добавить зарплату менеджера, который продает эту услугу.
Также данный механизм будет полезен для учета Заказ-нарядов. Важный момент, что отчет Доходы и расходы считает по отгрузке, поэтому необходимо сделать закрывающие документы, либо зафиксировать, что Заказ-наряд завершен, тогда данный отчет будет работать.